芽祖乡位于木里县东南部，地处东经100°14′～101°26′，北纬27°42′～27°53′之间，东邻盐源县元宝镇；南通盐源县棉垭乡；西靠下麦地乡；北连列瓦、项脚乡。2006年辖4个行政村，29个村民小组，居住着彝族、藏族、蒙古族、苗族、汉族等5种民族共887户3693人，其中彝族2783人。总面积179平方公里，人口密度为每平方公里20.6人。乡政府驻热地村芽祖组，海拔1920米，距县城27公里。

“芽祖”系藏语音译，意为“敬山菩萨的石堆子”。